オンライン請求とは、レセプト情報を決められた書式で電子化し、インターネット回線を介して伝送する請求方法である。レセコン導入医療機関にあっては、来年度（平成22年）4月からは、オンラインで請求しなければならないことになっている。オンラインで請求するためには、まずはレセプト情報を電子化する必要がある。この電子化されたファイルを媒体に記録して請求するのがレセ電算請求であり、県内では30％以上の医療聞がすでに実施段階にある。オンライン請求は、このファイルを単に送信するに過ぎないのだが、秘匿性の高い個人情報を扱うため、認証局の利用やIP-VPN、IPsec-IKEといった安全に送信するため通信経路が必要となる。初期投資として、現在、レセコンから紙に印刷して請求している医療機関の場合（電算処理未対応）、紙レセプト情報を電子情報に変換するソフト(約25万)、インターネットとの接続環境(2-3万円)、伝送するための専用パソコン（10万円）、認証局の使用料（4000円/3年）、さらには安全な回線の利用料やその敷設、各種設定費用などを含めると50万円程度が必要とされている。

　オンライン請求は、医療機関側にもある程度のメリットはあるものの、おもに恩恵を受けるのは支払基金や保険者であり、それらの事務の効率化のために医療機関側が多額の出費をしなければならないのは理不尽ではあるが、すでに法制化されており、オンライン請求へ進まざるを得ないのが現状である（最近、オンライン請求義務化先送りという論調も出てきたが、まだ確定したわけではない）。
日本医師会はあくまで手挙げ方式を主張して国と交渉中であり、義務化の時期、代行入力、代行請求の可能性など未だ不透明なところは多々残されている。しかし、義務化まで1年しか残されていない今、各医療機関においては、少なくとも医療機関での事務の効率化にもつながるレセ電算請求までは実現しておいた方が混乱は少ないと思われる。なお、日医標準レセプトソフト（日レセ）は、レセ電算処理を標準装備しており、また、レセコンから直接オンライン請求できる機能も用意されており、オンライン請求に最も適したレセコンともいえる。この機会に現在の日レセに変えるのも良い選択だと考えている。